A Kisprojekt Alap célja a határon átnyúló társadalmi kohézió és partnerség erősítése, valamint a polgárok és a szervezetek ösztönzése arra, hogy részt vegyenek az Unió demokratikus és polgári életében és hozzájáruljanak ahhoz. A Kisprojekt Alap célja ezen felül Magyarország és Szlovákia polgárai közötti eszmecserék előmozdítása, különösen a testvérvárosokon és a települések hálózatain keresztül annak érdekében, hogy gyakorlati tapasztalatokat szerezzenek az Unió közös örökségének gazdagságáról és sokszínűségéről.